I ricercatori dell’Università di Edimburgo e del Tj Watson Research Center di IBM hanno oggi annunciato un progetto di ricerca quinquennale congiunto che utilizzerà le simulazioni effettuate con i supercomputer e le sperimentazioni di laboratorio per velocizzare la creazione di farmaci per l’inibizione dell’infezione da HIV.

Il progetto prevede l’utilizzo di potenti tecnologie informatiche unite a nuove tecniche di caratterizzazione sperimentale, per contrastare il processo infettivo creando inibitori specifici che agiscono direttamente sulla parte del virus responsabile dell’ingresso del materiale genetico virale all’interno della cellula umana.

L’aspetto innovativo di questa collaborazione sta nel tentativo di creare simultaneamente inibitori multipli in grado di evitare che il virus possa mutare il proprio patrimonio genetico, rendendo inefficaci le terapie farmacologiche in uso, come appunto accade con gli inibitori singoli.

“I primi risultati ottenuti sono promettenti e mostrano come si possano sfruttare le capacità informatiche per simulare le tipologie di molecole in grado di bloccare l’infezione da HIV delle cellule umane e che queste informazioni possono poi essere utilizzate dai ricercatori per realizzare farmaci specifici in modo rapido ed efficace,” ha spiegato Jason Crain, della School of Physics dell’Università di Edimburgo e Divisional Head of Science al National Physical Laboratory nel Regno Unito. “Questo è un nuovo approccio alla realizzazione dei farmaci. Utilizziamo algoritmi sofisticati abbinati a tecniche sperimentali specifiche per progettare terapie molecolari più efficaci, e possiamo inoltre trarre enorme vantaggio da straordinarie risorse informatiche per operare in modo efficiente e razionale.”

Il progetto fa leva sul meccanismo con cui il virus dell’immunodeficienza umana HIV-1 si fissa alle cellule all’interno del corpo e poi inocula il proprio materiale genetico. I ricercatori stanno effettuando studi su un frammento della proteina superficiale del virus, chiamata peptide, che è fondamentale per la stimolazione della risposta immunitaria all’attacco virale. Capire la struttura e il comportamento del peptide permetterà la creazione simultanea di farmaci multipli in grado di contrastare il processo infettivo.

“Una delle sfide più grandi nel mondo medico è quella di trovare un vaccino contro il virus dell’HIV,” ha commentato Glenn Martyna, ricercatore IBM. “Unendo la ricerca sperimentale dell’Università di Edimburgo e le funzionalità di simulazione offerte da Blue Gene di IBM, siamo nella condizione di fare un grande passo in avanti verso quell’obiettivo”.

L’Università di Edimburgo è all’avanguardia dal punto di vista dei sistemi informatici ad alte prestazioni e ha la più ampia gamma di risorse in ambito di supercomputer in Europa. Nel 2004 l’università installò il primo supercomputer BlueGene IBM di tutta l’Europa con l’obiettivo di aiutare i ricercatori britannici a risolvere alcuni tra gli enigmi più impegnativi della scienza.

Questa nuova collaborazione con IBM permetterà di utilizzare nuove metodologie di simulazione e applicazioni, abbinate ad accurate tecniche sperimentali, per esaminare a fondo le proprietà degli aminoacidi e dei piccoli peptidi, componenti base delle proteine, e creare così i presupposti per realizzare terapie antivirali innovative basate sullo sviluppo simultaneo di target multipli.

In un’altra iniziativa nell’ambito della lotta globale al virus dell’HIV, il centro di Ricerca di Haifa (Israele) e un team di partner europei hanno sviluppato l’anno scorso un sistema integrato per il trattamento dell’HIV, chiamato EUResist. Questo sistema, reso possibile dall’integrazione di database completi e avanzati strumenti analitici e di previsione, è in grado di prevedere le reazioni delle varianti genetiche dell’HIV a specifici trattamenti antiretrovirali. I medici possono così selezionare i farmaci o le combinazioni di farmaci più efficaci nella cura dei pazienti affetti da HIV.

di Vincenzo Ciaglia - TuxJournal.net